BLAST Nedir?

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool), biyoinformatik alanında kullanılan bir yazılım aracıdır. BLAST, biyolojik dizilerin, özellikle DNA, RNA ve protein dizilerinin karşılaştırılması ve hizalanması için geliştirilmiştir. Bu araç, kullanıcıların dizileri veritabanlarına karşı hızlı ve etkili bir şekilde aramasına olanak tanır.

BLAST’ın Kullanım Alanları

BLAST, biyoinformatik ve genetik araştırmalarda yaygın olarak kullanılır. Özellikle şu alanlarda etkilidir:

• Genetik Araştırmalar: BLAST, genlerin ve proteinlerin fonksiyonlarını belirlemek için kullanılır. BLAST aracının amacı ve işleyişine göre, diziler arasındaki benzerlikleri analiz etmek için kullanılır.

• Evrimsel Biyoloji: Türler arası genetik benzerliklerin ve farklılıkların analizinde kullanılır.

• Tıbbi Araştırmalar: Hastalık genlerinin tanımlanması ve potansiyel tedavi hedeflerinin bulunmasında kullanılır.

BLAST Nasıl Çalışır?

BLAST, biyolojik dizileri hizalamak için lokal hizalama algoritmasını kullanır. Bu, belirli bir dizi parçasının veritabanındaki diğer dizilerle en iyi eşleşmeyi bulmasına olanak tanır. BLAST’ın temel çalışma adımları şunlardır:

1. Giriş Dizisinin Alınması: Kullanıcı, hizalanmasını istediği diziyi BLAST’a girer.

2. Veritabanı Araması: BLAST, girdi dizisini büyük bir biyolojik veritabanına karşı arar.

3. Hizalama ve Skorlama: Eşleşen diziler bulunur ve her eşleşme için bir skor hesaplanır.

4. Sonuçların Sunumu: Sonuçlar, en yüksek skordan en düşüğe doğru sıralanarak kullanıcılara sunulur. BLAST arama sonuçları, her bir eşleşmenin detaylarını ve ilgili genlerin son durumunu gösterir.

BLAST Online Kullanım Adımları

BLAST kullanımı oldukça basittir ve genellikle şu adımları içerir:

1. Online Platforma Giriş: BLAST’ın online platformuna giriş yapılır. Örneğin, NCBI BLAST sayfası (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) üzerinden ilgili sayfa ziyaret edilir.

2. Giriş Dizisinin Belirlenmesi: Analiz edilecek DNA, RNA veya protein dizisi girilir.

3. Veritabanının Seçilmesi: Dizi karşılaştırmasının yapılacağı veritabanı seçilir.

4. Parametrelerin Ayarlanması: Eşleşme arama parametreleri belirlenir.

5. Aramanın Başlatılması: BLAST araması başlatılır ve sonuçlar görüntülenir.

BLAST Sonuçlarının Son Değerlendirilmesi

BLAST sonuçları, hizalamaların kalitesini ve anlamlılığını gösteren çeşitli skorlarla birlikte gelir. Bu skorlar:

• E Değeri (Expectation Value): Bir eşleşmenin rastgele olarak ortaya çıkma olasılığını gösterir. Düşük E değeri, anlamlı bir eşleşmeye işaret eder. Ayrıca, optimal sonuçlar için hedef boyutun 100-200 aralığında seçilmesi önemlidir.

• Bit Skoru: Eşleşmenin istatistiksel anlamını ölçer.

• Identities ve Positives: Eşleşen bazların veya amino asitlerin sayısını gösterir.

Neden BLAST’a Giriş Yapmalısınız?

BLAST, genetik ve biyoinformatik araştırmalarda zaman kazandıran ve yüksek doğruluk sağlayan bir araçtır. Araştırmacılar, BLAST sayesinde büyük biyolojik veritabanları içinde hızlı ve etkili bir şekilde arama yapabilir, önemli genetik bilgilere ulaşabilirler.

Gen ekspresyon analizinde normalizasyon için stabil referans genlerin seçimi önemlidir.